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Bonaparte revient d'Égypte en octobre 1799 et est accueilli avec enthousiasme sur le sol français. Bernadotte estime pour sa part que le comportement du général, qui avait transmis le commandement de son armée à Kléber dans des conditions mal établies, devait être sanctionné et il fait vainement pression sur Barras pour l'inciter à traduire Bonaparte en cour martiale. Dix jours après l'arrivée de ce dernier, cédant aux pressions de Joseph et de Désirée, il se rend au domicile de Napoléon, qu'il n'avait pas revu depuis la signature du traité de Campo-Formio, mais la réunion ne se passe pas très bien. Dans les jours qui suivent, les deux hommes se rencontrent plusieurs fois mais Bonaparte ne l'informe qu'au dernier moment de son projet de coup d'État. Lorsqu'il prend conscience de la situation, Bernadotte refuse catégoriquement de le soutenir, déclarant qu'il « préférerait être mis en pièces plutôt que de contribuer à asservir son pays ». De fait, malgré des sollicitations tant de la part du Directoire que des conjurés, Bernadotte ne joue aucun rôle dans les événements qui se préparaient. Les 18 et 19 brumaire (8 et 9 novembre 1799), Bonaparte passe à l'action, jette à bas les institutions du Directoire et proclame le Consulat, lui-même s'octroyant le titre de Premier consul. Par crainte de représailles, Bernadotte cherche refuge, avec sa femme et son fils, auprès du général Jean Sarrazin. Le coup d'État du 18 Brumaire met fin à sa carrière politique en France, les rênes du pouvoir passant dès lors quasi exclusivement entre les mains de Napoléon.
Sources : fr.wikipedia.org
Après son accession au pouvoir, le nouveau chef de l'État s'efforce de rester en bons termes avec les élites politiques du pays ; dans ce contexte, les compétences militaires et administratives de Bernadotte trouvent à s'exprimer. Le 24 janvier 1800, il est nommé conseiller d'État à la section de la guerre, puis désigné le 18 avril suivant au poste de commandant en chef de l'armée de l'Ouest en Vendée. Napoléon avait songé au départ lui confier le commandement nominal de l'armée destinée à combattre en Italie, mais Bernadotte pensait qu'une affectation à l'armée de l'Ouest lui apporterait davantage de gloire ; en effet, une rumeur circulait selon laquelle des troupes britanniques se préparaient à débarquer en Bretagne. Napoléon quitte Paris au mois de mai pour affronter les Autrichiens en Italie tandis que Bernadotte se rend à Rennes pour s'opposer à une éventuelle incursion anglaise. Sa mission est toutefois largement en deçà de ses espérances : les Britanniques sont facilement repoussés et le quotidien des troupes se résume à la lutte contre les insurgés royalistes de Cadoudal.
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=== À l'armée de l'Ouest === Bernadotte conserve le commandement de l'armée de l'Ouest jusqu'en 1802, mais effectue de fréquents séjours à Paris où il fait toujours partie du Conseil d'État. À la même époque, plusieurs complots dirigés contre Napoléon sont découverts mais Bernadotte n'est impliqué de près ou de loin dans aucun d'eux. Bien que lavé de tout soupçon, ses relations avec le Premier consul sont toujours tendues. Il vend sa résidence parisienne le 30 octobre 1800 et fait l'acquisition du château de la Grange à Savigny-le-Temple, au sud-est de la capitale. Alors que Désirée préfère la plupart du temps rester à Paris en compagnie de sa mère ou de sa sœur, Bernadotte passe le plus clair de son temps dans sa maison de campagne lorsqu'il est en France.
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La guerre contre la Deuxième Coalition reprend au mois de novembre 1800 et Bernadotte espère obtenir un commandement à l'étranger. La victoire du général Moreau à la bataille de Hohenlinden le 3 décembre précipite cependant la signature du traité de Lunéville qui met fin aux hostilités. Bernadotte regagne son poste à l'armée de l'Ouest en mai 1801 pour se préparer à commander une division dans un projet de débarquement au Royaume-Uni, mais l'expédition est annulée en raison des préliminaires de paix avec Londres. Bernadotte est alors chargé de licencier l'armée de l'Ouest et se voit proposer successivement le poste d'ambassadeur à Constantinople et la lieutenance-générale de la Guadeloupe, qu'il refuse tous les deux. Il n'obtient finalement aucune fonction d'envergure et, selon les mots de son biographe Plunket Barton, Bernadotte termine l'année « déçu et mécontent ». Durant le printemps 1802, le général séjourne à la campagne mais se rend régulièrement à Paris. La période est marquée par une grande agitation politique et la loyauté de Bernadotte apparait suspecte aux yeux de Napoléon et de ses partisans. Comme d'autres officiers, ses déplacements sont étroitement surveillés par la police secrète. Plusieurs hauts responsables militaires et politiques pensent même que Bernadotte est prêt à user de moyens constitutionnels pour renverser le Premier consul. La même année, son nom est associé au complot des libelles organisé à Rennes, lors duquel des pamphlets hostiles à Napoléon sont distribués à l'armée.
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